Le Fonds Européen pour la pêche (FEP), institué par le règlement (CE) 1198/2006 du Conseil, a remplacé l'Instrument financier d'orientation de la pêche (IFOP) depuis le 1er janvier 2007. Ce fonds a été conçu de manière à assurer le développement durable du secteur européen de la pêche et de l'aquaculture.
Pour la période 2007-2013, il soutiendra tout à la fois le secteur dans son effort d'adaptation d'une flotte dont la compétitivité doit être renforcée et encouragera l'application de mesures destinées à protéger et à améliorer l'environnement.
Le FEP aidera également les communautés de pêcheurs les plus durement touchées par ces mutations à diversifier leurs activités économiques.

Le Programme opérationnel 2007-2013 s'articule autour de cinq priorités du FEP :

• Axe 1 : Mesures en faveur de l'adaptation de la flotte de pêche communautaire
  L'objectif est double: il s'agit d'aider la flotte à se moderniser et à adapter sa capacité et son effort de pêche aux ressources halieutiques disponibles
  
  
• Axe 2 : Aquaculture, pêche dans les eaux intérieures, transformation et commercialisation des produits de la pêche et de l'aquaculture
  Il s'agit de soutenir l'aquaculture et l'aval de la filière ainsi que les activités de transformation et de commercialisation. En Franche-Comté, l'intervention est ciblée principalement sur cette axe avec deux types de mesures:
  Mesure 2.1.1. : investissements productifs en aquaculture
  Mesure 2.1.2. : Mesures aquaenvironnementales
  
  
• Axe 3 : Mesures d'intérêt commun
  Il s'agit de contribuer aux opérations visant à promouvoir l'intérêt collectif du secteur. En région franche-Comté, l'intervention est axée sur la mesure 3.1.1. : Action collective.
  
  
• Axe 4 : Développement durable des zones de pêche
  L'objectif est d'encourager le développement durable des zones de pêche
  
  
• Axe 5 : Assistance technique
  Il s'agit d'apporter une assistance technique aux Etats membres pour faciliter l'octroi des aides