Le FEDER peut intervenir en France sur deux objectifs de la politique régionale :
    · compétitivité régionale et emploi;
    · coopération territoriale européenne

PROGRAMMATION 2007-2013

Le Programme Opérationnel « Compétitivité Régionale et Emploi » s’appuie sur les savoir-faire historiques de la Franche-Comté pour renforcer son image de territoire d’innovation et conforter son patrimoine naturel, en les mettant au service de la compétitivité économique et de la qualité de vie de ses habitants. Il s’articule son autour de quatre axes :

Axe 1 : Soutenir l’innovation pour développer la compétitivité des entreprises :

Afin de renforcer la compétitivité des entreprises franc-comtoises, plusieurs leviers doivent pouvoir agir de concert. Une coordination accrue dans les domaines du développement économique, de la recherche, de la formation est une phase nécessaire pour mieux répondre aux enjeux de l’économie régionale.

Quatre objectifs sont proposés pour répondre à cet enjeu :
    1) Conforter et développer la compétitivité des cinq filières majeures de la Franche-Comté par l’innovation et la recherche ;
    2) Développer la compétitivité de l’industrie de numérique ;
    3) Conforter et développer la compétitivité des TPE, des entreprises d’insertion par l’activité économique, et des entreprises innovantes ;
    4) Renforcer la performance de la formation et son adaptation au tissu économique.

Axe 2 : Améliorer la compétitivité territoriale

Le constat formulé dans le diagnostic, selon lequel la Franche-Comté pâtit d’un déficit d’attractivité, invite à mener des actions valorisant le territoire régional auprès des entreprises et de la population.

Trois orientations sont retenues :
    1) Développer les parcs d’innovation ;
    2) Soutenir le développement numérique des territoires en améliorant la couverture haut débit ;
    3) Garantir un développement équilibré des territoires en soutenant le développement d’une politique urbaine durable et en favorisant          le développement durable des zones rurales.

Axe 3 : Préserver la qualité environnementale, améliorer la sécurité vis à vis des risques d’inondation et réduire la dépendance énergétique pour conforter l’image d’innovation et l’attractivité de la région.

Les caractéristiques environnementales très particulières de la Franche-Comté nécessitent l’apport d’une réponse globale à travers trois grandes orientations complémentaires entre elles et avec les autres axes du programme opérationnel. :
    1) préserver et valoriser le patrimoine naturel aquatique et terrestre remarquable et les paysages, prévenir le risque d’inondations ;
    2) réduire la dépendance énergétique ;
    3) Mener des actions transversales permettant d’accroître les compétences et de renforcer la connaissance.

Axe 4 : Conforter le développement des Montagnes du Jura

Trois objectifs sont mis en œuvre dans le cadre de cet axe consacré au développement des Montagnes du Jura :
    1) développer une économie d’accueil touristique et de loisir de qualité, respectueuse de l’environnement ;
    2) accompagner le développement et l'adaptation de l'offre d'hébergement et des produits touristiques ;
    3) réserver la qualité des paysages.